南京市氣象局1993年成立，成立后與省氣象臺合署辦公。2006年5月與省氣象臺分離， 12月16日，獨立建制后的市氣象局正式揭牌。市局內(nèi)設(shè)辦公室（法規(guī)處）、業(yè)務(wù)科技處、人事教育處、計劃財務(wù)處4個職能處室，下設(shè)5個直屬事業(yè)單位，管轄江寧、六合、浦口三區(qū)和高淳、溧水二縣氣象局。
南京市氣象局全面落實科學(xué)發(fā)展觀，樹立“三氣象”理念、大力實施“三大戰(zhàn)略”、爭創(chuàng)“四個”，解放思想，開拓創(chuàng)新，深化改革，以提高天氣預(yù)報準(zhǔn)確率為核心，加快氣象現(xiàn)代化建設(shè)，加強(qiáng)氣象科技開發(fā)與應(yīng)用，不斷拓寬氣象業(yè)務(wù)服務(wù)領(lǐng)域，加強(qiáng)氣象文化建設(shè)，努力推進(jìn)氣象依法行政工作，氣象事業(yè)呈現(xiàn)蓬勃生機(jī)。
南京市氣象局業(yè)務(wù)現(xiàn)代化建設(shè)取得長足發(fā)展，氣象基本業(yè)務(wù)穩(wěn)步提高。全市已建成布局合理，分工明確的氣象臺站網(wǎng)；形成了覆蓋全市、觀測要素齊全的氣象觀測系統(tǒng)；初步建立了各種氣象災(zāi)害的監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)。